У виджета jQuery Sortable помимо метода serialize есть еще другой метод, который можно использовать для сохранения порядка сортировки элементов, — toArray. Его отличие заключается в том, что он возвращает массив id элементов, а не просто строку.

<ul id="search-engines">
  <li id="item-1">Яндекс</li>
  <li id="item-3">Bing </li>
  <li id="item-2">Google</li>
</ul>

Получаем массив

var engines = $("#search-engines").sortable("toArray");

В результате в переменной engines будет массив ["item-1", "item-3", "item-2"].

toArray будет полезен, скорее всего, в ситуациях, когда требуется пост-обработка данных (например, фильтрация или переименование ключей) перед сохранением.