Во время активной разработки проекта файлы в папке node_modules могут часто меняться. Архивировать их нет ни какого резона, так как всегда можно восстановить из npm. Чтобы пройтись по всем проектам и исключить эти папки, можно воспользоваться следующей комбинацией команд:

find $(pwd) -maxdepth 3 -type d -name 'node_modules' | xargs -n 1 tmutil addexclusion -p

Все исключённые папки появятся в настройках Time Machine, откуда их можно будет при необходимости удалить.